公元2010年，全球规模的“超大飓风（Hyper Hurrican）”使世界各国遭受了巨大的损失，已经膨胀到80亿的人口一下子减少到了50亿，经济和军事的均衡崩溃了。北美、俄罗斯、北欧被冰封，平原地区沉入大海，世界地图突变，来到了混沌时期。日本政府在各地建立经济特区，获得了一定的复兴。预先开发的“Powered Assist”技术为复兴作出了巨大贡献。但是，特区以外的地区，贫困不断加剧，贫民区不断扩大。统治阶级自称为“圣子（Logos）”，将powered assist技术转而用于军事。他们将贫困阶级称为“Levinas”，排斥他们。时光流逝，公元2035年。脱离了为监视“Levinas”，镇压“Logos”内部的叛乱分子而组成的特殊部队“幻影（Phantom）”的主人公葛城丈与伙伴鹤泽仁，与神秘的少女登户沙那巧遇。围绕着沙那，各种人的思虑纷繁缠绕，故事向前发展。他们3个人前进的方向上，究竟有什么！？