鲸鱼威利回到了属于自己的家园，而杰西亦已经长大，成为了一名海岸科考队队员，可是，他们之间的故事并没有完结。男孩麦克斯的父亲约翰是一名非法捕鲸手，有时候，当他穿梭在惊涛骇浪之中追随着鲸鱼的身影之时，会将麦克斯带在身边，这令麦克斯对鲸鱼的感情十分矛盾。一次捕鲸行动中，麦克斯和父亲闯入了威利的领地，处境十分危急，在生死攸关的紧要关头，杰西出现化解了危机。这场意外令麦克斯逐渐了解了父亲所作所为带来的危害，可是约翰依旧我行我素。又一次，约翰在行动中落入海中生死垂危，威利不计前嫌挺身而出，救下了约翰。